Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
RPUSD4Q96CM3 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
RPUSD4Q96CM3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.6 ms