Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP4Q13107 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP4Q13107 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP4Q13107 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP4Q13107 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP4Q13107 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP4Q13107 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP4Q13107 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP4Q13107 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP4Q13107 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
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