Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.93
LIMS1P48059 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
LIMS1P48059 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms