Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH3P20585 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
MSH3P20585 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
MSH3P20585 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
MSH3P20585 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
MSH3P20585 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH3P20585 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
MSH3P20585 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
MSH3P20585 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
MSH3P20585 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
MSH3P20585 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms