Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
HOXD4P09016 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
HOXD4P09016 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD4P09016 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.2 ms