Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VAMP4O75379 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VAMP4O75379 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VAMP4O75379 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms