Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CLDN3O15551 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN3O15551 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms