Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC40.13■■■■■ 4.02
CCDC88BA6NC98 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.02
CCDC88BA6NC98 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC40.13■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC40.13■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.1■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC40.08■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC40.08■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC40.08■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.08■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC40.07■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC40.07■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC40.07■■■■■ 4.01
CCDC88BA6NC98 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC40.07■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC40.07■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC40.07■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC40.06■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC40.06■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC40.05■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.05■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC40.04■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.03■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.02■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC40.01■■■■■ 4
CCDC88BA6NC98 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.99■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC39.98■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC39.97■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC39.96■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC39.96■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC39.96■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.96■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC39.95■■■■□ 3.99
CCDC88BA6NC98 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.95■■■■□ 3.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms