Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TRHDE-AS1-201ENST00000426250 3684 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PNMA5-205ENST00000535214 3198 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ATG13-215ENST00000529655 2566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SLC5A9-210ENST00000533824 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 USP2-201ENST00000260187 3732 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 OSBPL2-201ENST00000313733 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PVR-205ENST00000425690 3325 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SREBF1-202ENST00000355815 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CYP51A1-AS1-201ENST00000453068 2957 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CDC45-205ENST00000437685 2072 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NDRG4-221ENST00000563799 3014 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MED16-202ENST00000312090 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 HNF1A-201ENST00000257555 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 EXOC3-201ENST00000315013 2682 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DDX43-201ENST00000370336 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 MPZ-204ENST00000491222 1824 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PCDHB10-201ENST00000239446 3290 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 LINC00940-201ENST00000418006 2350 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 TUBGCP6-201ENST00000248846 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
BRPF3Q9ULD4 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.7 ms