Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 DAD1-201ENST00000250498 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 CTSL-202ENST00000342020 933 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 S100A13-203ENST00000392623 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 COLEC11-204ENST00000402794 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 RN7SL128P-201ENST00000467883 305 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 HNRNPA1P5-201ENST00000558213 966 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCAPERQ9BY12 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 RPL18A-205ENST00000600147 1391 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC117503.4-201ENST00000623229 1418 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TNNT3-201ENST00000278317 1210 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 FAM163B-201ENST00000356873 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TNNT3-207ENST00000381589 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC087620.1-201ENST00000520037 447 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LINC00824-204ENST00000520766 597 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LINC02252-201ENST00000565706 487 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SLC25A31-201ENST00000281154 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LINC00115-201ENST00000473798 1317 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 C7orf43-207ENST00000457641 2005 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 MT1E-202ENST00000330439 729 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TEX33-201ENST00000381821 978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LINC01983-201ENST00000413586 574 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 IQCF4-202ENST00000422896 745 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC104961.1-201ENST00000427605 771 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 EXTL3-AS1-203ENST00000520023 780 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 NR4A1-209ENST00000548232 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 CMC2-204ENST00000562713 573 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 CMC2-209ENST00000565108 399 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 RN7SL455P-201ENST00000580629 282 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ZNF737-204ENST00000596797 569 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC005274.1-201ENST00000623460 802 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 NCF4-202ENST00000397147 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 FCRL6-202ENST00000339348 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC022080.1-201ENST00000366255 781 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 HDAC8-204ENST00000373560 819 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 KLHL7-204ENST00000410047 1233 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 FAM21EP-201ENST00000417804 985 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 BX248123.1-201ENST00000429070 606 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AL132657.1-201ENST00000432530 712 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC092903.1-201ENST00000466506 262 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 ORMDL2-205ENST00000552672 760 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 AC005323.2-202ENST00000581304 493 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCAPERQ9BY12 RN7SL121P-201ENST00000584223 273 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.6 ms