Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 P2RY1-201ENST00000305097 6747 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 CITED1-202ENST00000373619 886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
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USP39Q53GS9 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
USP39Q53GS9 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
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