Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC00969-294ENST00000627609 992 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GYPC-203ENST00000409836 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL137058.1-201ENST00000418237 673 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 BFAR-203ENST00000562442 1414 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL139241.1-201ENST00000433374 1168 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC129102.1-201ENST00000535755 525 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 RPL19-207ENST00000582193 792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 DHPS-207ENST00000594424 1172 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 ZNF333-209ENST00000601134 1392 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 C4B-AS1-205ENST00000415626 2095 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 C4A-AS1-204ENST00000458633 2095 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
TRIM28Q13263 AL512306.1-201ENST00000432698 848 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
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