Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 INF2-209ENST00000617571 2956 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GCFC2-201ENST00000321027 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 OS9-201ENST00000257966 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C8orf31-201ENST00000395172 1875 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ASAH1-258ENST00000637790 3042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ACSM2A-209ENST00000573854 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GNAO1-214ENST00000638705 3529 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SIGLEC9-202ENST00000440804 1960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GALNT3-201ENST00000392701 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC6A6P1-201ENST00000413933 1850 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms