Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 HLF-202ENST00000430986 1385 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PRKCZ-AS1-202ENST00000444529 622 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 IGKV1OR2-108-201ENST00000453673 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 WWC2-208ENST00000508747 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RPAIN-205ENST00000536255 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 APOPT1-215ENST00000556253 783 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 INO80E-209ENST00000567254 625 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CHRNA1-204ENST00000409323 1585 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 IL37-204ENST00000352179 709 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RN7SL523P-201ENST00000484401 298 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL050341.2-201ENST00000567508 1541 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GOLGA8UP-201ENST00000527159 1755 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 JPT2-203ENST00000382711 894 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CASP2-203ENST00000392925 616 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AP000354.1-201ENST00000396982 456 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CCDC12-202ENST00000425441 1097 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NPAS3-209ENST00000551008 1002 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC005323.2-202ENST00000581304 493 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.83-201ENST00000611762 320 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.37-201ENST00000617743 320 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CHD9Q3L8U1 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 POLR2G-201ENST00000301788 827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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CHD9Q3L8U1 BLOC1S1-202ENST00000548556 525 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL357143.1-203ENST00000639750 881 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC093797.1-201ENST00000411847 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
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CHD9Q3L8U1 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 XAGE2-201ENST00000286049 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 WFDC5-202ENST00000372789 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FAM21EP-201ENST00000417804 985 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC147876.1-201ENST00000504408 322 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 BLOC1S1-203ENST00000548925 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SOCS2-AS1-204ENST00000551626 618 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LINC01588-216ENST00000623502 975 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHD9Q3L8U1 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
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