Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AFAP1-201ENST00000358461 7516 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AC092506.1-201ENST00000634580 2275 ntTSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 ITPRIPL2-201ENST00000381440 7247 ntAPPRIS P1 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PLXDC1-201ENST00000315392 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC11.44□□□□□ -0.58
CCDC140Q96MF4 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms