Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
HDDC3Q8N4P3 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 STK17B-201ENST00000263955 5287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 VPS29-201ENST00000360579 1091 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
HDDC3Q8N4P3 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms