Protein–RNA interactions for Protein: Q502W7

CCDC38, Coiled-coil domain-containing protein 38, humanhuman

Predictions only

Length 563 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC38Q502W7 MCM9-202ENST00000316316 5101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ARAP3-201ENST00000239440 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 LHX1-201ENST00000614239 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GORASP1-201ENST00000319283 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PCM1-202ENST00000327578 8287 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PLCXD2-201ENST00000393934 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PLCD1-204ENST00000463876 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 POLN-210ENST00000511885 3253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RNF183-206ENST00000478815 2312 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TBC1D1-214ENST00000508802 4119 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TNK2-202ENST00000381916 4223 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GDAP1L1-206ENST00000537864 2855 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 SREBF1-202ENST00000355815 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 DMPK-219ENST00000600757 3357 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 UMODL1-206ENST00000408989 5262 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 EML4-203ENST00000402711 3568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 KRT4-204ENST00000551956 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MORC4-202ENST00000355610 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GGACT-201ENST00000376250 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TNFRSF11A-205ENST00000616710 3809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 GPER1-203ENST00000397092 2971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC38Q502W7 OFD1-204ENST00000398395 3307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 NXPH1-201ENST00000405863 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC38Q502W7 ITGB8-201ENST00000222573 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 249.9 ms