Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LAIR1-209ENST00000434277 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SFT2D2-202ENST00000367829 491 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 OR5BD1P-201ENST00000532527 817 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL139339.2-201ENST00000608063 657 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HIST1H1D-201ENST00000244534 666 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CELP-201ENST00000411440 1249 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.9-201ENST00000415635 283 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RAD51C-203ENST00000421782 567 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HTATIP2-205ENST00000530266 713 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 OCEL1-206ENST00000597836 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL136040.2-201ENST00000618431 1130 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 BCAS2-201ENST00000369541 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TIMM17B-204ENST00000465150 964 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.2 ms