Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 LARGE1-201ENST00000354992 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC005786.4-201ENST00000623369 682 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AL031280.1-201ENST00000436991 2224 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.57
CCDC140Q96MF4 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC11.47□□□□□ -0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms