Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GH2-203ENST00000449787 753 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC109479.3-201ENST00000520163 360 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 IMMP1L-202ENST00000526776 469 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TP53-221ENST00000615910 1149 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 RARS-210ENST00000626454 177 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MED7-202ENST00000420343 1382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MC5R-201ENST00000324750 1319 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC253536.3-201ENST00000444093 558 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC009779.3-204ENST00000549424 367 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GOLGA2P7-209ENST00000560408 745 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 OSMR-AS1-204ENST00000636516 850 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 BBS1-203ENST00000455748 1552 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CTSV-201ENST00000259470 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC005906.2-205ENST00000640862 1522 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MED11-201ENST00000293777 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AL929302.1-201ENST00000426556 871 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FAM27E5-201ENST00000426869 682 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 UBR5-AS1-202ENST00000520820 800 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 OXSM-201ENST00000280701 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LAMP5-202ENST00000427562 1309 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CRHR1-205ENST00000352855 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NME6-208ENST00000435684 599 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LINC00887-204ENST00000456816 796 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AADAT-206ENST00000509167 2113 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC017033.1-201ENST00000603720 708 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NDUFB11-202ENST00000377811 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms