Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KRT8P1-201ENST00000557533 1207 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ASNSD1-206ENST00000607062 968 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 MYOZ3-209ENST00000615557 1031 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P17-202ENST00000560958 1662 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS3-202ENST00000398397 1342 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 JTB-202ENST00000356648 1040 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TMEM98-205ENST00000578289 806 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC87Q9NVE4 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CRIP3-202ENST00000372569 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 APOPT1-209ENST00000492189 513 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC02062-201ENST00000513175 478 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 NEU3-207ENST00000534628 746 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC87Q9NVE4 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.6 ms