Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RLN3-201ENST00000431365 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MYLK-AS1-202ENST00000470449 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 NSD1-211ENST00000511258 809 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC129102.1-201ENST00000535755 525 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MRM2-201ENST00000242257 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 POLR3K-201ENST00000293860 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 KCTD1-207ENST00000580059 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL590093.1-201ENST00000416119 623 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL512306.1-201ENST00000432698 848 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.100-201ENST00000447610 282 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CLNS1A-211ENST00000532069 898 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC012362.1-201ENST00000434906 739 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MESP2-203ENST00000560219 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC082651.3-201ENST00000474667 1947 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PPIE-202ENST00000356511 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 DCST1-AS1-201ENST00000452962 822 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 IRF3-225ENST00000600022 882 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SOX9-AS1-207ENST00000446332 443 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 Z99943.1-201ENST00000451545 718 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CHCHD2P9-201ENST00000461726 456 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
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