Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL354892.2-201ENST00000413088 403 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MIR2392-201ENST00000584881 84 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC010422.5-201ENST00000597961 585 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC007250.1-201ENST00000608934 338 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL606763.1-201ENST00000629535 462 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 COLEC11-203ENST00000382062 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CTHRC1-202ENST00000415886 571 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 EHMT2-AS1-201ENST00000434689 373 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC134312.2-201ENST00000563521 608 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SIGLEC22P-202ENST00000602065 544 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KRT33A-201ENST00000007735 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ERCC1-208ENST00000589165 1453 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ANKDD1A-202ENST00000395720 1518 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 LINC00665-206ENST00000590622 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 SPATA8-201ENST00000328504 1083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 FAM27E5-201ENST00000426869 682 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 MRAS-205ENST00000474559 856 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 ZNF530-203ENST00000597864 634 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL6A1P12109 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms