Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
TRIM35Q9UPQ4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
TRIM35Q9UPQ4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC29.92■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
TRIM35Q9UPQ4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms