Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCAL1Q9NZC9 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCAL1Q9NZC9 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms