Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SCN3AQ9NY46 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
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