Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
EXOSC4Q9NPD3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
EXOSC4Q9NPD3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms