Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NKX2-4Q9H2Z4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX2-4Q9H2Z4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms