Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
NUP88Q99567 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NUP88Q99567 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NUP88Q99567 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms