Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC88AQ3V6T2 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC88AQ3V6T2 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CCDC88AQ3V6T2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms