Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC34.9■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
TCOF1Q13428 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.88■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC34.84■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC34.84■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC34.83■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
TCOF1Q13428 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC34.82■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC34.82■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC34.82■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC34.79■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
TCOF1Q13428 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC34.77■■■■□ 3.16
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