Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A4P53420 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A4P53420 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 718.4 ms