Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG4P49917 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG4P49917 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIG4P49917 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIG4P49917 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG4P49917 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG4P49917 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG4P49917 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG4P49917 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG4P49917 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG4P49917 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG4P49917 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG4P49917 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG4P49917 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG4P49917 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG4P49917 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG4P49917 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms