Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSH2P43246 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSH2P43246 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
MSH2P43246 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
MSH2P43246 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSH2P43246 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSH2P43246 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
MSH2P43246 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSH2P43246 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSH2P43246 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms