Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC28.45■■■□□ 2.15
BRCA1P38398 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BRCA1P38398 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BRCA1P38398 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms