Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SMARCA1P28370 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SMARCA1P28370 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms