Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CD1E-206ENST00000368161 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GNRH2-204ENST00000380347 758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DUTP3-201ENST00000450025 415 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MPRIPP1-201ENST00000452433 1089 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RPS6KA2-AS1-201ENST00000455390 627 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HS3ST3A1-202ENST00000578576 750 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC007718.1-201ENST00000621078 280 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 BLCAP-205ENST00000397137 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
TRIM28Q13263 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
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