Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ANK1-202ENST00000289734 8297 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ACAN-209ENST00000617301 8669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 KATNB1-201ENST00000379661 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 GRM7-203ENST00000389336 2901 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 ANKRD11-203ENST00000378330 9132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
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CHD3Q12873 MPRIPP1-201ENST00000452433 1089 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CHMP4BP1-201ENST00000556017 588 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 CHST5-201ENST00000336257 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 UCKL1-AS1-201ENST00000623569 3602 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
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