Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RHEB-207ENST00000496004 744 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 NAMA-206ENST00000605377 509 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 STK16-203ENST00000409516 895 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DPY19L2P5-201ENST00000456300 331 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 PGPEP1-206ENST00000597431 545 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms