Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DNMT3L-201ENST00000270172 1706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CORO7-222ENST00000574025 2826 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ENDOV-206ENST00000518901 2549 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 REPS1-221ENST00000626459 3665 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZMYM3-204ENST00000373982 1867 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 VPS9D1-201ENST00000389386 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SMTN-202ENST00000347557 3130 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 UGT3A2-201ENST00000282507 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC109583.3-201ENST00000641183 3128 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AP002851.1-201ENST00000640504 2130 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CDH16-209ENST00000570262 2604 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.4 ms