Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 BTBD6P1-201ENST00000412176 1267 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC4A5-201ENST00000346834 6233 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HIPK3-202ENST00000379016 7345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC11.66□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TRIM13-202ENST00000378182 7249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.65□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC11.65□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms