Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CDYL-205ENST00000449732 2139 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CAMK2D-204ENST00000394522 2696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 WAC-AS1-202ENST00000528337 2608 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 APBB1IP-202ENST00000376236 2771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC010327.5-201ENST00000586923 3061 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KYAT1-205ENST00000436267 2487 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CYP1A1-207ENST00000567032 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AL031280.1-201ENST00000436991 2224 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GRIK5-201ENST00000262895 3493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RSPH6A-203ENST00000600188 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AICDA-201ENST00000229335 2819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 BNIP3-201ENST00000368636 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GRID2IP-203ENST00000457091 3636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms