Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SLC52A3-205ENST00000632431 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ST6GAL1-201ENST00000169298 4645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PRKCB-201ENST00000303531 7969 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 GPRASP1-203ENST00000444152 5809 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.16□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 DACH1-204ENST00000620444 4627 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 VTI1B-204ENST00000554659 5351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RGMB-201ENST00000308234 4580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FLNC-201ENST00000325888 9188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 KCNT1-212ENST00000628528 7057 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PLXNB2-201ENST00000359337 6335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SLC12A7-201ENST00000264930 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 LINC02538-201ENST00000609107 4569 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 MROH2A-201ENST00000389758 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SLC35D1-201ENST00000235345 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 GPSM2-202ENST00000406462 7433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.15
KLHL28Q9NXS3 AC015656.1-201ENST00000624209 3578 ntBASIC14.13□□□□□ -0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms