Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC124068.2-202ENST00000562356 612 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC093752.3-201ENST00000567343 901 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC124068.2-201ENST00000569473 1109 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NCBP2-206ENST00000447325 2216 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ERVK13-1-204ENST00000566343 567 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ITGA9-AS1-213ENST00000614028 913 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00969-257ENST00000625632 898 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MLF1-217ENST00000619577 2290 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CXCL12-202ENST00000374426 470 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GNRH2-204ENST00000380347 758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC145207.1-201ENST00000415556 691 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PGPEP1-206ENST00000597431 545 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC015909.3-201ENST00000572855 1794 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 BX276092.5-201ENST00000439926 886 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TAC3-208ENST00000441881 731 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC011472.1-201ENST00000588634 569 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00923-205ENST00000615399 932 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TAC3-211ENST00000615887 1120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms