Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 GSTT2-201ENST00000402588 937 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MMP7-201ENST00000260227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PGPEP1-203ENST00000595066 762 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TTC23L-209ENST00000638320 1185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 KRT17P4-201ENST00000429445 819 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MFAP3-202ENST00000439768 1186 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ETV2-207ENST00000619399 994 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 BFAR-203ENST00000562442 1414 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL513315.1-201ENST00000640756 1370 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC018638.5-201ENST00000450885 754 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL133467.4-201ENST00000602953 725 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LAIR1-209ENST00000434277 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC106047.2-201ENST00000511723 743 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms