Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CNTNAP3P2-201ENST00000617175 3861 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RAB2A-201ENST00000262646 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SLC25A21-AS1-201ENST00000556667 1924 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TFCP2-201ENST00000257915 3546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC25A35-201ENST00000380067 2785 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms