Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PDPR-202ENST00000398122 2734 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC112229.3-201ENST00000603767 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC013271.1-201ENST00000640669 3202 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
LIG1P18858 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ELAVL2-201ENST00000223951 3763 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms