Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CHD1-212ENST00000614616 8095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC015656.1-201ENST00000624209 3578 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.33
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CHD3Q12873 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AICDA-201ENST00000229335 2819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
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