Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SUPT4H1-201ENST00000225504 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AAMP-201ENST00000248450 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PIGF-202ENST00000306465 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PSMD4P1-201ENST00000433951 1109 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 KLHDC8A-203ENST00000460687 1022 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SNCB-203ENST00000506696 552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 DNAJB13-203ENST00000537753 912 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CCDC167-201ENST00000373408 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 INS-IGF2-202ENST00000397270 828 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL096772.1-201ENST00000451135 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC073094.1-201ENST00000453798 433 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RPP40-203ENST00000464646 1042 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC01598-205ENST00000508763 719 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC148477.9-201ENST00000623974 539 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 119.4 ms