Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP3Q9Y6I4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP3Q9Y6I4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.9 ms